Buscando una solución a esto, me encuentro con una entrada en MundoGeek que explica como hacerlo, pero me pareció muy extensa y, tome la información necesaria y lo reduje bastante, de todas formas lean el articulo completo para más detalles.
Tenemos que tener habilitada la función de escritura y lectura en discos NTFS si nuestro windows esta instalado en una partición de esas, si esta en FAT32 no hay problema alguno.
En GNU/Linux creamos un enlace simbólico hacia la carpeta del perfil de FireFox en windows que por lo general se encuentra en
C:\Documents and Settings\usuario\Datos de programa\Mozilla\Firefox\Profiles\nombre.default
donde usuario son ustedes, y nombre es un nombre que crea FireFox para un perfil predeterminado si es que no crearon uno propio.
Para crear el enlace simbólico, por medio de la consola ingresamos
ln -s -d /windows/c/Documents and Settings/usuarioWindows/Datos de programa/Mozilla/Firefox/profiles/nombre.default /home/usuarioLinux/.mozilla/firefox/nombre.defaultSiendo "/windows/c/" donde tenemos montado el disco.
Por último editamos el archivo profiles.ini de la carpeta FireFox y en path indicamos el nombre de la carpeta de perfil que acabamos de enlazar, y deberíamos tener los mismos marcadores, cookies y extensiones en los dos sistemas operativos.
Recuerden hacer un backup de los perfiles, tanto en GNU/Linux como en windows.